En mayo de 1562, Fray Diego de Landa fue informado por el guardián del convento de Maní (Yucatán) del hallazgo de un adoratorio clandestino en una cueva, donde se encontraron imágenes de las deidades paganas y señales de sacrificios recientes. El provincial comisionó al propio guardián para que llevara a cabo una investigación. Este ordenó la aprehensión de los habitantes más próximos al lugar, para examinarlos acerca de un hecho que los misioneros solo podían considerar como prueba de retorno a la idolatría. La aceptación de poseer ídolos y rendirles culto fue general.
El guardián, empeñado en obtener confesiones completas que le permitieran confiscar hasta el último objeto de la religión pagana, decidió que se aplicaran tormentos durante los interrogatorios. Los sospechosos fueron colgados de las manos para que revelaran el número de ídolos que habían conservado, mismos que luego debían entregar. El tormento se agravó para quienes no declaraban a gusto del franciscano, con atarles pesadas piedras a los pies, azotarlos y salpicarlos con cera caliente. Al celebrarse la siguiente misa dominical, los confesos eran expuestos a la vergüenza pública y luego cumplían con las sentencias consistentes en recibir azotes y pagar penas económicas.
Al final de este proceso inquisitorial, Fray Diego realizó un Auto de fe el 12 de julio de 1562, en el que se quemaron alrededor de 5,000 ídolos de culto, objetos sagrados mayas, piedras de un altar que se encontraba ubicado en una cueva y, lo más preciado, unos 27 códices mayas. Los registros de esos lienzos fueron importantes, ya que describían concisamente información sobre los ciclos del sol y la luna según los ciclos agrarios, la estructura de numeración, el método de registro del tiempo, medicina, historia y la filiación religiosa.
Este evento fue una trágica pérdida humana y cultural. Causó muertes, mutilaciones y terror. Nos privó de información valiosa acerca de los conocimientos, hechos y costumbres de los antiguos mayas. La quema de los códices no solo eliminó fuentes primarias de información, sino que también simbolizó un intento de borrar la identidad y memoria colectiva de los pueblos originarios.
El Auto de fe de Maní no puede ser visto únicamente como un acto de represión. También evidencia la resistencia y la adaptación de los pueblos indígenas frente a la colonización. A pesar de la violencia sufrida, muchos mayas continuaron practicando sus ritos y creencias en secreto, lo que subraya una tenaz supervivencia cultural. Este fenómeno de resistencia ha sido objeto de numerosos estudios que muestran cómo, a través del sincretismo, las culturas indígenas han logrado amalgamar elementos de la religión católica con sus propias tradiciones, creando así nuevas formas de espiritualidad.
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